Le Secrétaire général, en tant que chef de l'exécutif de l'Organisation, gère l'UIP et doit rendre compte au Conseil directeur. En collaboration avec le Président, il joue un rôle essentiel dans la définition et la mise en œuvre de l'orientation stratégique de l'UIP, sous la supervision du Comité exécutif.
Le Secrétaire général est à la tête du Secrétariat et veille à ce que les décisions des Membres de l'UIP soient mises en œuvre et à ce que les ressources nécessaires soient mobilisées. Il facilite le travail politique de l'Organisation, y compris celui des Membres et des organes directeurs. Le Secrétaire général représente également l'UIP lors des grandes conférences et renforce la coopération avec d'autres organisations internationales.
Les secrétaires généraux de l'UIP ne sont pas des parlementaires en exercice. Ils s'engagent à promouvoir et à consolider la démocratie grâce à leur expérience dans l'administration publique, le droit international et la coopération, ou d'autres domaines pertinents.
Le Secrétaire général est élu pour un mandat reconductible de quatre ans. Il ou elle est élu au scrutin secret par le Conseil directeur parmi une liste de candidats recommandés par le Comité exécutif.
Depuis sa création en 1889, l’UIP a eu huit secrétaires généraux, dont deux – le Norvégien Christian Lange et le Suisse Albert Gobat – font partie des huit lauréats du Prix Nobel de la paix que compte l’UIP.
Le Secrétaire général actuel est Martin Chungong.